Palazzo Colonna Barberini di Palestrina attualmente ospita il Museo Archeologico Nazionale e fa parte del polo culturale più importante della città in unione con il Santuario della Fortuna Primigenia. L’edificio fu edificato dalla famiglia Colonna a partire dal XII secolo sulla porzione superiore dell'antico tempio.
La residenza fu probabilmente danneggiata durante la distruzione della città nel 1298 da parte delle truppe di papa Bonifacio VIII e poi da quelli inferti nel 1437-38 da Eugenio IV. I Colonna vi soggiornarono fino al 1630, quando il feudo fu venduto ai Barberini per una cifra di ca. 775.000 mila scudi. Nel 1913 la famiglia vi allestì la collezione archeologica che andò a costituire il primo nucleo della raccolta museale sotto il nome di Museo Barberiniano. I Barberini conservano ancora attualmente tutta la proprietà dell’ala occidentale del Complesso.
L'inusuale facciata concava dell'edificio è dovuta al fatto che occupa lo spazio del grande emiciclo del tempio posto in cima alla cavea che sormontava l’antica piazza, cavea che oggi costituisce la scalinata d'accesso al palazzo. All'interno in più punti del complesso sono visibili i resti del grande emiciclo.
Alla metà del Seicento nel Palazzo fu allestito celeberrimo Mosaico del Nilo, opera della fine del II sec. a.C. scoperta in quegli anni all’interno dell’ex Episcopio in P.zza Regina Margherita (oggi Complesso Edifici del Foro). I Barberini abitarono il palazzo fino all'Ottocento, quando iniziarono ad utilizzare un’altra dimora, più comoda, nella zona inferiore della città.
Durante la Seconda Guerra Mondiale fu utilizzato come rifugio per le famiglie sfollate del quartiere che avevano perso con la casa con i bombardamenti aerei della città. Nel 1953 lo Stato ne acquistò e restaurò un'ala e l’intera collezione già presente per costituire nel 1956 il Museo Archeologico.
Il Palazzo è articolato su tre piani e un livello inferiore che corrisponde all’antico criptoportico del tempio. In alcune sale si conservano ancora le originarie decorazioni ad affresco, risalenti alla fase cinquecentesca e seicentesca della storia dell’edificio.